AG MALDI Imaging

Die bildgebende Massenspektrometrie (mass spectrometric imaging, MSI) ermöglicht die Untersuchung von Gewebeschnitten und damit die exakte Lokalisierung von tausenden von Proteinen in einem Experiment. Der Vorteil gegenüber bisherigen proteomischen Untersuchungen besteht darin, dass die Proteine weder markiert noch vorher bekannt sein müssen. Mit Hilfe dieser Methode kann somit die Heterogenität von Tumoren aufgrund der unterschiedlichen Verteilung von Proteinen erfasst werden.

Zur Identifizierung dieser Marker ist die Laser-basierte Mikrodissektion ein unverzichtbares Verfahren, mit dessen Hilfe die durch spektroskopische und spektrometrische Verfahren definierten Gewebebereiche ausgeschnitten und die spezifischen Marker proteomisch über LC-MS/MS oder genomisch über Sequenzierung und Expressionsanalysen identifiziert werden können.

Des Weiteren kann das Verfahren der Mikrodissektion auch ausgehend von histologisch gefärbten Gewebeschnitten eingesetzt werden, um in genomischen und proteomischen downstream-Analysen nur diejenigen Gewebeareale zu untersuchen, die für die jeweilige Fragestellung relevant sind. Ein willkommener Nebeneffekt der Mikrodissektion ist gerade bei Tumoren eine Verminderung der Komplexität und eine verbesserte Darstellung der Heterogenität. Gerade in der LC-MS/MS basierten Proteomik werden bisher standardmäßig makroskopische Gewebeproben analysiert. Auf der einen Seite wird damit eine möglichst hohe Abdeckung des Proteoms erreicht, auf der andere Seite werden aber durch dieses Vorgehen einzelne Zellpopulationen und Feinstrukturen nur im Mittel betrachtet (Abb. 2). Dies erschwert die Analyse und kann im Extremfall zu Fehlklassifizierungen führen.

Das Laser-Mikrodissektionssystem wurde über EFRE-Mittel über die Thüringer Aufbaubank gefördert.