Das IMSID ist in Arbeitsgruppen und Bereiche eingeteilt, die den drei Professuren zugeordnet sind. Für jede Arbeitsgruppe (AG) gilt eine Zweiteilung zwischen methodischer Forschung (Entwicklung  und Implementierung) sowie angewandter Forschung (eigenständige Projekte oder Kooperationsprojekte). Methodenentwicklung und Anwendungen sind somit eng verzahnt. Dies trägt dazu bei, dass Methoden anwendungsnah entwickelt werden, und dass Anwendungen von der neuesten Methodik profitieren.