Bei einer autologen Stammzelltransplantation erfolgt die Rückübertragung zuvor gewonnener körpereigener Stammzellen des Patienten. Die Stammzellgewinnung wird in diesem Fall meistens nach einer Mobilisierung der Stammzellen aus dem Knochenmark in die Blutbahn durchgeführt. Die so gewonnenen Stammzellen des Patienten werden anschließend bis zum Tag der Transplantation eingefroren (kryokonserviert). Zur Durchführung einer Hochdosistherapie (hochdosierte Chemotherapie eventuell in Kombination mit einer Ganzkörperbestrahlung) mit nachfolgender Transplantation der konservierten Stammzellen wird der Patient einige Wochen nach der Stammzellentnahme erneut stationär aufgenommen.