1804 bis 1827
Die Entstehung der Anatomischen Sammlung in Jena geht auf Herzog Carl August von Sachsen-Weimar und seinen Minister Johann Wolfgang von Goethe zurück.
Der Herzog ließ 1779 im Jenaer Schloss ein Museum aus Naturalien, Büchern und Kunstgegenständen einrichten. Mit der Aufsicht über das Naturalienkabinett wurde der herzogliche Leibarzt Justus Christian Loder betraut. Er war ab 1778 Professor für Anatomie und Chirurgie in Jena und gilt als der bedeutendste deutsche Anatom seiner Zeit.
Als Loder Jena 1803 verließ, nahm er seine mehrere tausend Stücke umfassende anatomische Sammlung mit sich. Im Museum blieben nicht einmal die grundlegendsten Präparate für den akademischen Unterricht zurück. In der Folge wurde eine neue Herzogliche Anatomische Sammlung aufgebaut, die in Jena verbleiben musste. Sie umfasste die Anatomie des Menschen (Anthropotomie) und der Tiere (Zootomie). Der jeweilige Leiter des Anatomischen Instituts war für ihre Vermehrung und Bewahrung verantwortlich.
Erster Sammlungsbetreuer war Johann Friedrich Fuchs. Zusammen mit dem Prosektor Carl Ludwig Homburg vermehrte er die Sammlung vor allem um Präparate aus dem laufenden Sektionsbetrieb des Anatomischen Theaters.
1805 wurde der Nachlass des jung verstorbenen Medizindozenten Franz Heinrich Martens angekauft sowie 1820 die Sammlung des Herzoglichen Leibarztes und Medizinprofessors Johann Christian Stark des Älteren.
Aus dieser frühen Phase sind mehrere Sammlungskataloge erhalten, es lassen sich jedoch nur noch wenige Präparate eindeutig dieser Zeit zuordnen.
1828 bis 1858
Von Fuchs ging die Sammlungsaufsicht 1827 auf Emil Huschke über. Nachdem Goethe ihn schriftlich genauestens über den Aufbau und die Betreuung der Anatomischen Sammlung unterrichtet hatte, sorgte Huschke 30 Jahre lang für deren Erhalt und Wachstum. Als Kustos stand ihm der Prosektor Gustav August Hanckel zur Seite. Im Jahr 1836 enthielt die Sammlung fast 3.000 Präparate, davon etwa 1.200 pathologisch-anatomische.
Huschkes Forschungsinteressen schlugen sich im Sammlungsbestand nieder. So gingen Ende der 1830er Jahre u.a. zahlreiche Gipsabgüsse von menschlichen Schädeln aus der Sammlung der Phrenologischen Gesellschaft zu Edinburgh ein, die auf Huschkes kraniologische Studien verweisen.


