Integrative Analyse von "omic"-weiten Daten experimenteller und klinischer Sepsis zur individualisierten Prävention, Diagnose und Therapie
Allgemeines
Akronym: TransSeptomics (Translational Septomics)
Projektleiter: Sandro Lambeck, PhD
Forschungsfeld: B Neue diagnostische Technologien und Verfahren
Projektnummer: B3.4
Projektlaufzeit: 01.07.2011 bis 01.07.2013
Modul: Nachwuchswissenschaftler
Projektbeschreibung
Primäres Ziel
Identifikation von diagnostischen Signaturen für die frühe Diagnose schwerer Sepsis durch integrative Datenanalyse verschiedener Omic-Ebenen, insbesondere des Transkriptomes und des Metabolomes, hinsichtlich der Abgrenzung der Pathogene sowie verschiedener Virulenzfaktoren.
Sekundäres Ziel
Integrative Modellierung der allgemeinen und spezifischen Wirtsantwort um den Ausgang verschiedener Behandlungsstrategien, quantifizierbar über neue identifizierte molekulare Marker und Risikofaktoren, vorherzusagen.
Sepsis kann systembiologisch als multifaktorielle Krankheit auf den separaten aber auch kombinatorischen Einfluss der Faktoren: Pathogen, Zeit (Alter, Observation) und Geschlecht überprüft werden. Dabei aufgefundene Marker (Kandidatengene und Metaboliten) sollten eine hohe Sensitivität und Spezifität aufweisen. In Gegenüberstellung zu humanen Daten werden dabei polymikrobielle murine Sepsismodelle, wie bspw. I) polymicrobial contamination and infection (PCI) und II) cecal ligation and puncture (CLP) verwendet und auf ihre translationale Aussagekraft untersucht. Weiterhin können auch pharmakologische Behandlungsstrategien (bspw. hydrocortisol) hinsichtlich des Einflusses auf die aufgefundenen diagnostischen Marker zur tentativen Validierung verwendet werden. Die zur Gewinnung dieser Kandidaten verwendeten Methoden sollen eine integrative Analyse von verfügbarem Wissen und Daten mehrerer Omic-Ebenen erlauben, wobei ein Fokus auf frei verfügbare Wissensressourcen wie bspw. der Datenbank KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) liegt.
Publikationen
Hepatic fibrosis in a long-term murine model of sepsis, Falk A. Gonnert (CSCC), Elke Kunisch (CSCC), Mieczyslaw Gajda, Sandro Lambeck (CSCC), Martina Weber, Ralf A. Claus (CSCC), Michael Bauer (CSCC), Raimund W. Kinne (CSCC), Shock accepted.
Liver Dysfunction with Impaired Phase I, II and III Metabolism Reflects an Early and Poor Prognostic Event in Sepsis that Depends on PI3K Signalling, Peter Recknagel (CSCC), Falk A. Gonnert (CSCC), Martin Westermann, Sandro Lambeck (CSCC), Amelie Lupp, Jane E. Carré, Andreas Kortgen, Christoph Krafft, Jürgen Popp, Christoph Sponholz, Ingrid Hilger, Ralf A. Claus (CSCC), Niels C. Riedemann, Reinhard Wetzker, Mervyn Singer, Michael Trauner, Michael Bauer (CSCC), PLoS Medicine, under review.
Hepatic Induction of Cholesterol Biosynthesis Reflects a Remote Adaptive Response to Pneumococcal Pneumonia, Martina Weber, Sandro Lambeck (CSCC) ,…, Ulrich A. Maus, Michael Bauer (CSCC), FASEB Journal, under revision
Comparison of transcriptomic profiles from experimental to clinical sepsis and SIRS, Sandro Lambeck (CSCC), Martina Weber, Falk A. Gonnert (CSCC), Ralf Mrowka, Michael Bauer (CSCC), Frontiers, under revision
Poster auf Konferenzen
Assessing Key Transcriptional Regulators and Predicting Interventional Targets in the Murine Sepsis Model of Peritoneal Contamination and Infection, Lambeck S (CSCC), Weber M, Bauer M (CSCC), Guthke R, Weimar Sepsis Update 2011
Kontakt
Tel.: +49 (0)3641 - 9 32 33 45
Center for Sepsis Control and Care
Universitätsklinikum Jena
Erlanger Allee 101
07747 Jena