AG Mikroskopische Bildanalyse
>> Forschungsschwerpunkt
Prof. Dr. Michael Habeck wurde zum Wintersemester 2019 als Stiftungsprofessor für Mikroskopische Bildanalyse an die Universität Jena berufen.
Schwerpunkt der Forschungsarbeiten von Professor Habeck ist die Analyse multimodaler und multidimensionaler Bilddaten sowie von Einzelmoleküldaten. Der studierte Physiker und Mathematiker profitiert hierbei von fundierten Statistikkenntnissen. Beginnend mit seiner Doktorarbeit am EMBL in Heidelberg und am Institut Pasteur in Paris hat er sich auf Bayes`sche Datenanalyseverfahren mit Anwendung vor allem in der strukturellen Bioinformatik spezialisiert. Er hat vier Jahre am Max-Planck-Institut für Biologische Kybernetik in Tübingen gearbeitet, anschließend eine Emmy-Noether-Nachwuchsgruppe in Tübingen und in Göttingen geleitet. Danach war er als Forschungsgruppenleiter am Max-Planck-Institut für Biophysikalische Chemie in Göttingen tätig.
Publikationen
2024
Saleem HN, Ignatyeva N, Stuut C, Jakobs S, Habeck M, Ebert A. 3D Computational Modeling of Defective Early Endosome Distribution in Human iPSC- Based Cardiomyopathy Models. Cells. 2024 May 27;13(11):923. doi: 10.3390/cells13110923. PMID: 38891055; PMCID: PMC11171759.
Wali R, Xu H, Cheruiyot C, Saleem HN, Janshoff A, Habeck M, Ebert A. Integrated machine learning and multimodal data fusion for patho-phenotypic feature recognition in iPSC models of dilated cardiomyopathy. Biol Chem. 2024 Apr 24;405(6):427-439. doi: 10.1515/hsz-2024-0023. PMID: 38651266.
2023
Habeck M. Bayesian methods in integrative structure modeling. Biol Chem. 2023 Jul 31;404(8-9):741-754. doi: 10.1515/hsz-2023-0145. PMID: 37505205.
Stock C, Heger T, Hansen SB, Larsen ST, Habeck M, Dieudonné T, Driller R, Nissen P. Correction: Fast-forward on P-type ATPases: recent advances on structure and function. Biochem Soc Trans. 2023 Aug 31;51(4):1749-1750. doi: 10.1042/BST20221543_COR. Erratum for: Biochem Soc Trans. 2023 Jun 28;51(3):1347-1360. doi: 10.1042/BST20221543. PMID: 37503652.
Lopes-Rodrigues V, Boxy P, Sim E, Park DI, Habeck M, Carbonell J, Andersson A, Fernández-Suárez D, Nissen P, Nykjær A, Kisiswa L. AraC interacts with p75<sup>NTR</sup> transmembrane domain to induce cell death of mature neurons. Cell Death Dis. 2023 Jul 17;14(7):440. doi: 10.1038/s41419-023-05979-7. PMID: 37460457; PMCID: PMC10352303.
Flygaard RK, Habeck M, Nissen P. Technical Comment on "Inhibition mechanism of NKCC1 involves the carboxyl terminus and long-range conformational coupling". Sci Adv. 2023 Jul 14;9(28):eadh0821. doi: 10.1126/sciadv.adh0821. Epub 2023 Jul 12. PMID: 37436990; PMCID: PMC10337923.
Stock C, Heger T, Basse Hansen S, Thirup Larsen S, Habeck M, Dieudonné T, Driller R, Nissen P. Fast-forward on P-type ATPases: recent advances on structure and function. Biochem Soc Trans. 2023 Jun 28;51(3):1347-1360. doi: 10.1042/BST20221543. Erratum in: Biochem Soc Trans. 2023 Aug 31;51(4):1749-1750. doi: 10.1042/BST20221543_COR. PMID: 37264943.
Heger T, Stock C, Laursen MJ, Habeck M, Dieudonné T, Nissen P. eGFP as an All-in-One Tag for Purification of Membrane Proteins. Methods Mol Biol. 2023;2652:171-186. doi: 10.1007/978-1-0716-3147-8_9. PMID: 37093475.
2022
Neumann C, Rosenbaek LL, Flygaard RK, Habeck M, Karlsen JL, Wang Y, Lindorff- Larsen K, Gad HH, Hartmann R, Lyons JA, Fenton RA, Nissen P. Cryo-EM structure of the human NKCC1 transporter reveals mechanisms of ion coupling and specificity. EMBO J. 2022 Dec 1;41(23):e110169. doi: 10.15252/embj.2021110169. Epub 2022 Oct 14. PMID: 36239040; PMCID: PMC9713717.
2021
Fedosova NU, Habeck M, Nissen P. Structure and Function of Na,K-ATPase-The Sodium-Potassium Pump. Compr Physiol. 2021 Dec 29;12(1):2659-2679. doi: 10.1002/cphy.c200018. PMID: 34964112.
Habeck M, Poulsen H. What FXYDs fix. J Gen Physiol. 2021 Jun 7;153(6):e202012845. doi: 10.1085/jgp.202012845. PMID: 33871566; PMCID: PMC8059070.
Xu H, Wali R, Cheruiyot C, Bodenschatz J, Hasenfuss G, Janshoff A, Habeck M, Ebert A. Non-negative blind deconvolution for signal processing in a CRISPR-edited iPSC-cardiomyocyte model of dilated cardiomyopathy. FEBS Lett. 2021 Oct;595(20):2544-2557. doi: 10.1002/1873-3468.14189. Epub 2021 Sep 17. PMID: 34482543.
Vakili N, Habeck M. Bayesian Random Tomography of Particle Systems. Front Mol Biosci. 2021 May 21;8:658269. doi:10.3389/fmolb.2021.658269. PMID: 34095220;PMCID: PMC8177743.
Dang TKL, Nguyen T, Habeck M, Gültas M, Waack S. A graph-based algorithm for detecting rigid domains in protein structures. BMC Bioinformatics. 2021 Feb 12;22(1):66. doi: 10.1186/s12859-021-03966-3. PMID: 33579190; PMCID: PMC7881620.
2020
Zinke M, Sachowsky KAA, Öster C, Zinn-Justin S, Ravelli R, Schröder GF, Habeck M, Lange A. Architecture of the flexible tail tube of bacteriophage SPP1. Nat Commun. 2020 Nov 13;11(1):5759. doi: 10.1038/s41467-020-19611-1. PMID: 33188213; PMCID: PMC7666168.
Carstens S, Nilges M, Habeck M. Bayesian inference of chromatin structure ensembles from population-averaged contact data. Proc Natl Acad Sci U S A. 2020 Apr 7;117(14):7824-7830. doi: 10.1073/pnas.1910364117. Epub 2020 Mar 19. PMID: 32193349; PMCID: PMC7148566.
2018
Habeck M, Nguyen T. A probabilistic network model for structural transitions in biomolecules. Proteins. 2018 Jun;86(6):634-643. doi: 10.1002/prot.25490. Epub 2018 Mar 24. PMID: 29524249. Chen YL, Habeck M. Data-driven coarse graining of large biomolecular structures. PLoS One. 2017 Aug 17;12(8):e0183057. doi: 10.1371/journal.pone.0183057. PMID: 28817608; PMCID: PMC5560709.
2017
Michalik M, Orwick-Rydmark M, Habeck M, Alva V, Arnold T, Linke D. An evolutionarily conserved glycine-tyrosine motif forms a folding core in outer membrane proteins. PLoS One. 2017 Aug 3;12(8):e0182016. doi:10.1371/journal.pone.0182016. PMID: 28771529; PMCID: PMC5542473.
Habeck M. Bayesian Modeling of Biomolecular Assemblies with Cryo-EM Maps. Front Mol Biosci. 2017 Mar 22;4:15. doi: 10.3389/fmolb.2017.00015. PMID: 28382301; PMCID: PMC5360716.
2016
Carstens S, Nilges M, Habeck M. Inferential Structure Determination of Chromosomes from Single-Cell Hi-C Data. PLoS Comput Biol. 2016 Dec 27;12(12):e1005292. doi: 10.1371/journal.pcbi.1005292. PMID: 28027298; PMCID: PMC5226817.
Nguyen T, Habeck M. A probabilistic model for detecting rigid domains in protein structures. Bioinformatics. 2016 Sep 1;32(17):i710-i717. doi: 10.1093/bioinformatics/btw442. PMID: 27587693.
Kühn J, Wong LE, Pirkuliyeva S, Schulz K, Schwiegk C, Fünfgeld KG, Keppler S, Batista FD, Urlaub H, Habeck M, Becker S, Griesinger C, Wienands J. The adaptor protein CIN85 assembles intracellular signaling clusters for B cell activation. Sci Signal. 2016 Jun 28;9(434):ra66. doi: 10.1126/scisignal.aad6275. PMID: 27353366.